為配合國家發展與社會需求，以培養具有理論與實務能力之機械工程專業人才為目標，機械工程系於民國80年7月奉教育部台(80)技字第32964號函正式成立，為雲林科技大學成立時同時成立的最早系所之一。
| 系所沿革 |
| 80年 |
大學部四年制機械工程技術系成立，招收高級職業學校畢業學生。 |
| 81年 |
大學部二年制機械工程技術系成立，招收專科學校畢業學生。 |
| 81年10月 |
研究所碩士班成立，82年開始招收新生。 |
| 83年 |
第一屆二技生畢業。 |
| 84年6月 |
第一屆四技生畢業。 |
| 86年 |
「機械工程技術學系」改名為「機械工程系」。 |
| 92年 |
四年制增為雙班。 |
| 96年8月8日 |
產業精密機械研究所博士班成立。 |
| 100年8月1日 |
大學部二技停招。 |
| 歷屆系主任 |
| 第1屆 |
汪島軍主任（80年8月－83年7月） |
| 第2屆 |
侯春看主任（84年8月－85年7月） |
| 第3屆 |
鄭俊誠主任（86年8月－87年7月） |
| 第4屆 |
周至宏主任（87年8月－88年7月） |
| 第5屆 |
黃順發主任（88年8月－91年7月） |
| 第6屆 |
任志強主任（91年8月－94年7月） |
| 第7屆 |
曾世昌主任（94年8月－97年7月） |
| 第8屆 |
吳尚德主任（97年8月－100年7月） |
| 第9屆 |
張嘉隆主任（100年8月－103年7月） |
| 第10屆 |
王永成主任（103年8月－104年7月） |
| 第11屆 |
張世穎主任（104年8月－105年1月） |
| 第12屆 |
許進成主任（105年1月－105年7月） |
| 第13屆 |
吳英正主任（105年8月－106年7月） |
| 第14屆 |
張祥傑主任（106年8月－109年7月） |
| 第15屆 |
張元震主任（109年8月－112年7月） |
| 第16屆 |
施國亮主任（112年8月－迄今） |
